454测序用于美洲奶牛种牛基因组测序项目

两只公牛基因组分别利用454 GS FLX Titanium进行测序，分别获得了7.3倍和13.5倍基因组覆盖度的数据，约20.5G和37.9G的测序序列，然后用Newbler将超过30G的碱基序列与参照基因组进行比对，zui终超过86%的参考基因组有超过1x的覆盖。
科学家应用一种称为haplotracking的技术，确定了染色体中控制者重要的性状的区域，这些区域在群体进化中受到较大的选择性压力。这项研究揭示了奶牛基因组进化的过程，显示外在因素对这些重要基因的选择作用，例如一些影响奶牛对传染病抵抗能力的基因。www.soogle-expo.com
这两只种牛的基因组约占目前北美荷兰奶牛群体基因组的7%左右。研究人员从这两只公牛基因组中，发现超过130万个SNP，并利用这些SNP对其后代进行了单倍体型分型。研究人员发现了与繁殖、牛奶产量、抗病毒能力有关的一系列基因，这些基因控制的性状都有可能影响到奶牛经济价值和奶厂的效益。
奶牛作为经济动物，长期以来受到很大的选择压力，如牛奶产量、奶脂含量，已经有超过50年的人工养殖历史，因此也积聚了大量的遗传学信息，可以在后代的基因组中跟踪，其后代也能重组这些单倍体型，这些信息可用于认识复杂性状的遗传学机制。